多肽合成仪的核心组件包括以下几个关键部分，它们共同协作以实现高效、精准的多肽链合成：
1.反应槽（或反应容器）
这是进行化学反应的主要场所，通常由耐腐蚀材料制成，能够容纳氨基酸、溶剂及催化剂等反应物。它提供了一个密闭且适宜的环境，确保氨基酸之间通过酰胺键逐步连接形成多肽链。现代设备可能配备多个反应槽或合成通道，支持同时进行多个肽链的合成。
负责按照预设顺序和剂量向反应槽中输送特定的氨基酸。该系统包含储存容器和精密的传输管道，可精确控制每种氨基酸的加入量与时机，保证合成过程的准确性和一致性。自动化设计减少了人为误差，提高了实验效率。
3.去保护试剂系统
在多肽合成过程中，每个氨基酸上的活性基团（如氨基或羧基）会被临时性的保护基团封闭，以防止不必要的副反应发生。去保护试剂系统使用特定的化学试剂来移除这些保护基团，使目标官能团暴露出来参与下一步的反应。这一步骤对于维持正确的反应路径至关重要。
4.多肽合成仪清洗系统
每次添加新氨基酸前后以及整个合成周期结束时，都需要对反应体系进行全面清洗，去除未反应全的物质、副产物和其他杂质。自动化的清洗程序不仅能有效避免交叉污染，还能保持设备的清洁状态，为后续操作创造良好条件。
5.自动化控制系统
作为整个仪器的大脑，自动化控制系统允许用户通过计算机界面设定并监控所有关键参数，包括温度、压力、反应时间、氨基酸添加顺序等。该系统还能实时采集数据，记录合成进程中的各项指标变化，便于后期分析和优化工艺条件。高度自动化的操作模式大幅提升了合成工作的可靠性和重复性。
6.多肽合成仪温控系统
精确的温度控制对于确保化学反应速率和产率非常重要。温控系统可以根据不同阶段的需求调节反应环境的温度，特别是在去保护基团和偶联步骤中，稳定的温度有助于提高反应的选择性和收率。
7.溶液供给和排放系统
管理着各种试剂、溶剂和清洗液的自动添加与排出，确保反应体系中各组分浓度维持在理想范围内。合理的流体处理机制保证了废物的安全处置，同时也降低了运行成本。
8.多肽合成仪数据记录与监控系统
实时跟踪并存储合成过程中的所有重要信息，如反应进度、温度曲线、压力波动等。这些数据不仅用于即时监控当前状态，也为后续的质量评估和技术改进提供了宝贵资料。
9.固相合成柱
特别是在采用固相合成法的设备中，固相合成柱充当了固定相的角色，一端连接着起始氨基酸，另一端则随着新氨基酸的不断加入而延伸成长链。这种设计简化了操作流程，并提高了产物纯度。
